Sistem pengangkutan di Malaysia adalah antara sistem pengangkutan yang termaju di dunia. Terdapat tiga jenis sistem pengangkutan yang utama di Malaysia iaitu udara, darat dan air.Sistem pengangkutan udara telah menghubungkan Malaysia ke serata dunia. Lebuhraya Utara-Selatan dan Lebuhraya Timur-Barat telah menghubungkan semua bandar-bandar di seluruh Semanjung Malaysia. Landasan keretapi telah menghubungkan Semenanjung Malaysia dengan negara jiran iaitu dari Singapura sehingga Thailand. Manakala sistem pengangkutan air adalah penting di kawasan persisiran laut, Sabah dan Sarawak.